Les habitants les plus anciens sont assez mal connus. Comme pour les différentes vallées des rivières de Sologne, on peut supposer que des populations s’installèrent après la dernière grande glaciation (-15000 ans avant le temps actuel) comme peuvent en témoigner quelques outils de pierre de type magdalénien retrouvés lors de fouilles dans la région. Avant cet âge néolithique, aucune trace de passage d’hommes n’a été décelée ce qui ne nie pas que des populations aient pu fréquenter la région dès la fin du tertiaire. Les époques du bronze puis du fer virent arriver sans doute des peuplades Celtes (VI siècle avant J.C.) puis les peuples de l’époque gallo-romaine et du Moyen Age. Les premiers écrit date du la fin du Moyen Age, début des Bas Moyen Age.
On raconte que la châtellenie de Cernoi, l’un des plus nobles fiefs du comté de Sancerre, aurait appartenu à Margueritte de Sancerre, marié à Gilles de Melun.
Puis par les mariages successifs à Sylvie de Sully, à Alix de Beaumont, à Pierre Villeblanche, à la famille Chenu.
Silvine d’Orléans, dame de la Vaiserie, porta cette terre en dot à Claude de la Perrière, son mari, leur fille unique, épousa, le 24 février 1599 Gabriel de Jaucourt, écuyer, seigneur de Buxières, et à cause d’elle de la Vaiserie, gentilhomme de la Chambre du roi, ils s’installèrent au château de la Vaiserie, dit de Cernoi, qui devint le berceau de la huitième branche de la famille de Jaucourt en 1687.
Après la mort de Sully (1641), les protestants du Sancerrois, s’étaient mis sous la protection du seigneur de la Vaiserie : Philippe de Jaucourt, (fils de Gabriel) dont la femme, catholique, était devenue protestante sous la pression des siens. Elle fut dénoncée. Indigné, le pasteur de Châtillon prononça des paroles très dures contre Philippe qui fut dénoncé à son tour. Tous deux furent punis et condamnés à faire amende honorable, pieds nus, la corde au cou, tenant dans leurs mains une torche ardente de trois livres. Puis ils eurent la tête tranchée à Paris le 13 décembre 1659, pour avoir suivi le parti du prince de Condé contre le cardinal Mazarin.
Le dernier des seigneurs fut le marquis Alexandre Charles de Jaucourt, baron de Cernoi, né en juillet 1737, marié à Sophie de Charponnet en septembre 1766, mais le couple n’aura pas d’enfant et se séparera. Sa vie fut aussi mouvementée que celle de ses arrière-grands-parents. Il se retire en 1717 et vit seul à Cernoy, avec des séjours à Arconcey, en Côte d’Or, de 1778-1779 jusqu’en septembre 1793, date à laquelle il quitte Cernoi, pour Arconcey, poursuivi par les républicains de Châtillon, et est en état d’arrestation (à sa demande et avec l’appui des habitants de cette commune). Transféré le 6 mars 1794 à Paris, conduit à la prison Sainte Pélagie. Un certificat de civisme est demandé à l’assemblée générale de Cernoi, qui le rédige le 18 mars 1794. Ce certificat ne parviendra jamais à Paris. Emprisonné à la Conciergerie en avril 1794, il est jugé et condamné à mort pour participation à un complot contre-révolutionnaire à la prison de Dijon. Il fut guillotiné le 17 floréal An II (6 mai 1794)
Les archives et les meubles du château furent détruits et les terres, devenues ‟biens nationaux”, furent rachetées par les époux Laforges-Houdray, le fils Etienne Guilhaume pris la suite mais après son décès, le château fut démoli en 1864.
LE CHÂTEAU DE LA VAISERIE.
Il est situé à flanc de colline entre la route de Saint Firmin sur Loire et la route d’Autry le Chatel à environ deux Kilomètres du centre bourg. Au XVIIIe siècle, l’accès le plus direct du bourg au Château, passait par le Moulin des Bosses (nom transformé plus tard en Moulin des Borses). Ce chemin aboutit en face du Lavoir du village. On accède maintenant au Château par un chemin goudronné depuis la route de St Firmin.
L’entrée du domaine du Château était un grand portail couvert, à deux pilastres portant gravés dans la pierre de taille les inscriptions suivantes: sur celui de gauche: Jaucourt; sur celui de droite: Jean et Anne. On pouvait lire aussi sur celui de gauche: 1634.
La Grange est un bâtiment crépi, couvert de tuiles, avec murailles en
“marnéziau” (terme du patois local qui
désigne une marne dure siliceuse qui contient beaucoup de calcaire). Elle n’est pas très vaste, elle n’était probablement pas destinée à recevoir la dîme qui était affermée.
Les Écuries, qui venaient après la grange, faisaient face, au sud-ouest, à une grande cour. Elle ne pouvait servir que pour les bêtes de culture et de basse-cour, telles que chevaux de labourage, vaches, cochons, chèvres, car le domaine était bien affermé quand son dernier seigneur a été guillotiné.
L’entrée ordinaire du Château donne sur cette grande cour, ainsi que l’entrée de la cave voûtée qui, elle, subsiste encore. 
Rien ne reste aujourd’hui des écuries.
De la cave voûtée partait l’escalier allant vers les cuisines du château.
En suivant l’allée qui mène à la demeure seigneuriale, d’après le plan cadastral, on devait découvrir une maison qui subsiste encore aujourd’hui et qui serait la “première maison seigneuriale”. 
Depuis, elle a été restaurée. Son pignon, opposé à l’allée centrale, présente l’assise d’une petite tour et la construction extérieure d’un four de bonnes dimensions.
La façade de cette maison donne sur une seconde cour appelée “Cour d’Honneur”, limitée à l’opposé, par les écuries, destinées aux chevaux de selle et aux chevaux que l’on attelait aux carrosses. Les propriétaires actuels ont conservé une fresque, existant sur la façade, et qui représentait une sorte de char romain tiré par un lion…
Au siècle dernier, on voyait encore le départ d’un souterrain qui partait derrière le Moulin des Borses jusqu’au Château. On raconte que du Château partait un souterrain jusqu’à l’autre côté du vallon, même jusqu’à Sancerre (?). On parle encore du trésor des partisans du Prince de Condé caché, pour échapper au Cardinal Mazarin. On aime les mystères dans le Pays Fort.
Récemment, les restes du château ont été rénovés et transformés en un Gîte tout confort.
Nous sommes un des derniers pays d’Europe à conserver un patrimoine rural, mais jusqu’à quand ?
La solution est de continuer à faire vivre nos campagnes, dans le fil de l’évolution qui caractérise notre pays.
Le Bourg est entouré de hameaux et de fermes reliés par des petits chemins sinueux et ombragés qui montent et qui descendent. Ils sont bordés de haies vives, de pommiers et de noisetiers. Chaque hameau, chaque ferme portait un nom dont l’origine est lié à des patronymes, des cours d’eau, des animaux, des types de lieux.
La plupart des hameaux ont maintenant disparu et des fermes ont été transformées en maisons d’habitation.
– Les hameaux s’appellent : les Pasquiers, les Robins, l’Aubier, les Reniers, les Vanniers, Corsène, les Girauds.
– Les manoeuvreries : la Cervellerie, le Porteau, la Marlingua, le Petit-Fricot.
– Les fermes se nommaient : la Barre, la Billotière, les Bondonières d’en haut, le Grand Bray, Buffan, la Caille, le Château, la Chenotière, les François, La Piollée, le Roi Petit Bon, la Pillarderie, la Ferrandière, les Ruesses, le Butteau, les Granges Neuve, le Champ la Dame, l’Orgerie, le Marchais, les Déponds, la Monjointrie, Corsène, Bourg d’Oiseau, les Abattis, les Reniers, les Cortillats, la Bougrie, les Nibelles, Mimérand,
De nos jours subsistent : les Bondonières d’en bas, le Petit Bray, la Raterie, Crignel, la Vannière, l’Aubier, les Loups
Dans le village on trouvait 5 fermes maintenant disparues : celles des Fougeron, Jamet, Berneau, Ménardon, Thomas avec son moulin à cidre. Elles assuraient le ravitaillement en lait, beurre, fromage, œufs, volaille, lapins, porcs, etc.
Cernoy-en-Berry possède aussi 3 anciens Moulins datant d’avant 1780: La Barre, Les Borses, La Verrerie.
Carte de Cassini.